高效液相色譜柱的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中作相對運動時， 經過反復多次的吸附 -解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。
常用的高效液相色譜柱填充劑為化學鍵合硅膠。反相色譜系統使用非極性填充劑，以十八烷基硅烷鍵合硅膠最為常用，辛基硅烷鍵合硅膠和其他類型的硅烷鍵合硅膠也有使用。正相色譜系統使用極性填充劑，常用的填充劑有硅膠等。離子交換色譜系統使用離子交換填充劑；分子排阻色譜系統使用凝膠或高分子多孔微球等填充劑；對映異構體的分離通常使用手性填充劑。
高效液相色譜柱的原理結構：
高效液相色譜柱的結構：
1、空柱由柱接頭、柱管及濾片組裝而成。
柱接頭采用低死體積結構，柱接頭是兩端螺紋組件，一端是為7/16英寸內螺紋，另一端是3/16英寸的內螺紋。7/16英寸內螺紋與1/4英寸柱管（Φ6.35mm）連接，中間放置壓環用于密封。3/16英寸的內螺紋與1/16英寸（Φ1.57mm）的連接管連接，中間也放置壓環用于柱接頭的密封。為了盡量減少柱外死體積，在安裝色譜柱時，用Φ1.57mm連接管通過空心螺釘壓環后要盡量插到底，然后再擰緊空心螺釘。壓環被空心螺釘擠壓變形后緊箍在連接管上。
在兩端柱接頭內，柱管兩端各放置一片不銹鋼濾片，用于封堵柱填料不被流動相沖出柱外而流失。空柱各組件均為316L不銹鋼材質，能耐受一般的溶劑作用。但由于含氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
2、柱填料：
液相色譜柱的分離作用是在填料與流動相之間進行的，柱子的分類是依據填料類型而定。
正相柱：多以硅膠為柱填料。根據外型可分為無定型和球型兩種，其顆粒直徑在3—10 μm的范圍內。另一類正相填料是硅膠表面鍵合—CN，-NH2等官能團即所謂的鍵合相硅膠。
反相柱：主要是以硅膠為基質，在其表面鍵合十八烷基官能團（ODS）的非極性填料。也有無定型和球型之分。
常用的其他的反相填料還有鍵合C8、C4、C2、苯基等，其顆粒粒徑在3—10 μm之間。
